Şəki İslam Mədrəsəsi Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin (QMİ) 29.01.1997-ci il tarixli təqdimatına əsasən, 11.04.1997-ci ildə Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyi tərəfindən dövlət qeydiyyatına alınmış və onun rəsmi şəkildə fəaliyyət göstərməsinə icazə verilmişdir.

Şəki İslam Mədrəsəsinin özəlliyi ondan ibarətdir ki, bu təsisat Azərbaycanda Qur`ani-Kərim qiraətini – hafizliyi (Qur`anı başdan sona qədər əzbərləməyi) öyrədən ilk orta ixtisaslı dini tədris müəssisəsidir. QMİ tərəfindən təsis edilən Mədrəsədə qəbul olunmuş tədris proqramı üzrə dini biliklər verilir.

Fəaliyyətə başladığı gündən təlim-tədris proqramını uğurla davam etdirən Mədrəsənin əsas məqsədi milli-mənəvi dəyərlərə bağlı və geniş dünyagörüşünə sahib hafiz-gənclər yetişdirməkdən ibarətdir.

Şəki İslam Mədrəsəsinin qəbul imtahanında orta ümumtəhsil məktəblərinin 6-cı sinfini bitirmiş şagirdlər iştirak edir. Mədrəsədə təhsil müddəti üç ildir və bu müddət ərzində tədris prosesi üç mərhələdə həyata keçirilir: 1. Yay kursları (təhsil müddəti bir aydır); 2. Hazırlıq kursu (təhsil müddəti bir ildir); 3. Hafizlik kursu (təhsil müddəti iki ildir).

Mədrəsəni və Hafizlik kursunu müvəffəqiyyətlə başa vuran tələbələrə Qafqaz Müsəlmanları İdarəsi tərəfindən “Hafizlik diplomu” təqdim edilir.

Məzunlara Bakı İslam Universitetinin Hazırlıq kursuna yazılmaq üçün Mədrəsə tərəfindən müvafiq göndəriş verilir.

Şəki İslam Mədrəsəsinin müdiri Abdurrəhman Nuriyevdir.